La endoscopia digestiva alta o gastroscopia la suele hacer un médico especialista en aparato digestivo, junto con un asistente que puede ser personal de enfermería. Inicialmente le dirán que se desvista de cintura para arriba y se ponga una bata de hospital. Se le cogerá una vía intravenosa en el brazo. Por allí se puede pasar un medicamento que le hará estar relajado y somnoliento durante la prueba. Es posible que después no recuerde mucho del procedimiento.
Le colocarán un aparato en la boca para evitar que la cierre y se dañe los dientes con el endoscopio. Se suele administrar un spray anestésico en la boca y la garganta para disminuir las molestias y facilitar la introducción del endoscopio. Le tumbarán en una camilla sobre el lado izquierdo y entonces el médico procederá a introducir el endoscopio previamente lubricado por la boca. Le pedirá que trague para facilitar su paso por la faringe y lo irá progresando hasta el duodeno. Hay que intentar no tragar durante el procedimiento a menos que le indiquen que lo haga. La saliva que se pueda formar en la boca será aspirada por el asistente por medio de un pequeño tubo aspirador. En una pantalla anexa el doctor podrá ver toda la superficie del intestino superior con claridad. Durante la prueba puede que le pidan que cambie de postura para facilitar el movimiento del endoscopio.
El médico cuenta con diversas herramientas como micropinzas, microtijeras, etcétera, que se pueden meter a través de los canales de los que dispone el endoscopio, y que le permiten realizar algunos procedimientos diagnósticos o terapéuticos. Por ejemplo, puede aspirar secreciones, tomar una biopsia, eliminar un pólipo, coagular una hemorragia, eliminar un cuerpo extraño, etcétera.
Tras todo ello, el endoscopio se sacará cuidadosamente y le dejarán 1-2 horas en observación en alguna sala anexa hasta que se recupere del efecto del sedante. Como le habrán aplicado un anestésico en la garganta, es necesario no comer ni beber hasta que se pase el efecto de la anestesia. En caso contrario podría suceder que el alimento se fuera por la vía respiratoria. Es recomendable que no conduzca ni maneje maquinaria peligrosa durante las 12 horas siguientes a la prueba. Su médico le indicará cuándo puede comer con normalidad y reiniciar las actividades normales. Esto depende del procedimiento que le hayan hecho y la medicación que le hayan suministrado.