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El virus de la gripe inicialmente se une a las células de la mucosa de las vías respiratorias superiores (células secretoras de mucosidad, células ciliadas y células epiteliales) y las destruye, eliminando así el primer sistema de defensa del sistema respiratorio, y posteriormente puede alcanzar las vías respiratorias inferiores causando una descamación grave del epitelio bronquial o alveolar.

Además de afectar las defensas naturales de las vías respiratorias, la gripe facilita la adhesión de las bacterias a las células epiteliales, dando como resultado una infección bacteriana secundaria, que puede llegar a desencadenar una neumonía.

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